Podczas powrotu do Polski został aresztowany 12 sierpnia 1892 roku, między innymi z powodu wspomnianej manifestacji. Kolejne pięć miesięcy przebywał w Cytadeli warszawskiej, skąd zwolniono go po wpłaceniu kaucji. Pozostawał pod dozorem policyjnym, jednak nie zrezygnował z aktywnej działalności. Razem z Janem Ludwikiem Popławskim doprowadził do przewrotu w Lidze Polskiej, której zarzucał bierność w realizowaniu postawionych sobie celów. W jej miejsce powołana został nowa, kierowana przez samego Romana Dmowskiego organizacja – Liga Narodowa. Program grupy Dmowski przedstawił w broszurze Nasz Patriotyzm, w której przedkładał interes narodowy ponad klasowy.
Na wygnaniu
W listopadzie 1893 roku sąd podjął decyzję o pięcioletnim zakazie przebywania Dmowskiego na terenie Królestwa Polskiego, z czego pierwsze trzy lata miał być dodatkowo dozorowany przez policję. Pobyt w cytadeli zaliczono mu w poczet kary. Zamieszkał w Mitawie niedaleko Rygi, jednak w lutym 1895 roku nielegalnie wrócił na ziemie polskie i osiadł we Lwowie. Tam zaczął pisać do „Przeglądu Wszechpolskiego”, by po paru miesiącach zostać redaktorem naczelnym tego pisma. Nie zagrzał tu jednak długo miejsca. Latem 1896 roku przybył na zjazd Ligi Narodowej w Budapeszcie, gdzie wszedł w skład nowo wybranego kierownictwa organizacji. Następnie w latach 1898-1890 trzy razy podróżował do Francji i Anglii, odwiedzając również Brazylię. Wreszcie w 1901 roku osiadł w Krakowie. Tutaj też przeniósł ze Lwowa całą redakcję „Przeglądu Wszechpolskiego”. W 1903 roku wydał książkę pt. Myśli nowoczesnego Polaka, będącą wykładnią jego poglądów narodowych.
Gdy w 1904 roku wybuchła wojna rosyjsko-japońska, Polska Partia Socjalistyczna wraz z Józefem Piłsudskim planowała wywołać w Królestwie Kongresowym powstanie przy współpracy z Japonią. Dmowski sprzeciwiał się koncepcji występowania przeciw Rosji, jako groźniejszego przeciwnika postrzegając Prusy. Ponadto uważał ruch rewolucyjny za szkodliwy dla sprawy polskiej. W maju 1904 roku, na dwa miesiące przed delegacją PPS, przybył do Tokio i przekazał tamtejszym władzom materiały przekonujące, że udzielenie wsparcia powstaniu w Kongresówce nie tylko nie przyniesie korzyści Japonii, ale i przyczyni się do pogorszenia sytuacji samych Polaków. Do projapońskiego powstania w Królestwie Kongresowym jak wiadomo nie doszło.