Stroop do SS wstąpił 1 lipca 1932 roku i stale awansował, osiągając pod koniec wojny stopień SS-Gruppenführera. 1 września 1932 roku wstąpił też do NSDAP. Od 19 kwietnia do 16 maja 1943 przeprowadził likwidację getta warszawskiego, podczas której stłumiono w nim powstanie. Efektem było całkowite zburzenie i zlikwidowanie getta oraz śmierć większości z dziesiątek tysięcy jego mieszkańców.
Sąd Wojewódzki w Warszawie skazał Stroopa na karę śmierci przez powieszenie. Został stracony 6 marca 1952 o godzinie 19:00 w więzieniu mokotowskim.
Kat warszawskiego getta
W 1942 r. zaczęła się likwidacja gett w Polsce. W lipcu przyszła kolej na Warszawę. Do września 1942 r. deportowano z Warszawy do obozu zagłady w Treblince 310 tys. ludzi. W kwietniu 1943 r. do warszawskiego getta wkroczyło dwa tysiące żołnierzy SS, Wehrmachtu i cudzoziemskich formacji pomocniczych. Zbrojny opór stawiła im ok. 600-osobowa grupa powstańców Żydowskiej Organizacji Bojowej, na której czele stał 24-letni Mordechaj Anielewicz, a także Żydowski Związek Wojskowy.
Na początku powstania, mimo ogromnej przewagi, hitlerowcy nie mogli złamać oporu powstańców. Kierujący akcją likwidacyjną gen. SS Jürgen Stroop musiał wprowadzić do akcji dodatkowe oddziały i sprzęt. 8 maja 1943 r. padł bunkier dowództwa powstania przy ul. Miłej 18. Anielewicz wraz z innym członkami dowództwa organizacji popełnili samobójstwo. 16 maja Stroop wydał rozkaz wysadzenia wielkiej synagogi przy ul. Tłomackie, zaraz potem doniósł z triumfem Hitlerowi, że „dzielnica żydowska w Warszawie przestała istnieć”.
Według raportu Stroopa, ujęto 56 tys. Żydów, z których ok. 7 tys. zgładzono na miejscu, a resztę wywieziono do obozów zagłady. Liczba poległych i rannych Niemców nie jest dokładnie znana. Polska prasa podziemna oceniała straty niemieckie na 400 zabitych i 1000 rannych.