Za „oficjalnego” odkrywcę pozostałości grodziska uważa się Walentego Szwajcera (wcześniej używał pisowni Schweitzer), nauczyciela ze Żnina (woj. kujawsko-pomorskie). Jak wspominał, w 1932 roku, z powodu ówczesnego kryzysu, by zachować pracę musiał czasowo przenieść się do wiejskiej szkoły w pobliskim Biskupinie.
Już 1 września zapytał swych nowych uczniów o sposób spędzania wolnego czasu i dowiedział się, że najczęściej chodzą pasać kozy „na grodziskach”, czyli półwyspie jeziora. Wiedziony ciekawością sam zaczął odwiedzać to miejsce i wypatrzył wówczas wystające z ziemi drewniane pale, jak się później okazało – szczątki falochronu.
– Miałem zamiar opracować naukowo znalezisko, napisać raport i dopiero wtedy zawiadomić archeologów, zyskując sławę i rozgłos. W popłoch wpadłem dopiero wiosną 1933 roku, kiedy właściciel łąki zaczął kopać torf. Zebrał on warstwę ziemi i aby dostać się do torfu począł rąbać dębowe belki konstrukcji drewnianych, zalegające na głębokości 70-80 cm pod powierzchnią ziemi – wspominał Szwajcer w cyklu rozmów, jakie przeprowadził z nim w latach 90. Wiesław Zajączkowski, ówczesny dyrektor Muzeum Archeologicznego w Biskupinie.
Po dosyć długich poszukiwaniach pomocy, Szwajcer dotarł do prof. Józefa Kostrzewskiego, który potraktował poważnie informacje na temat znaleziska i przyjechał do Biskupina 6 października 1933 roku.
Profesor Józef Kostrzewski (1885-1969) jest uznawany za jednego z najwybitniejszych polskich archeologów XX stulecia. Określany jest mianem twórcy tzw. polskiej szkoły archeologicznej i teorii o zasiedleniu przez Prasłowian naszych ziem już ponad 3 tysiące lat temu, współzałożyciel i wykładowca Uniwersytetu Poznańskiego, autor kilkuset publikacji.
Profesor od samego początku był przekonany o wyjątkowym znaczeniu odkrycia na półwyspie biskupińskim. W następnym sezonie ruszyły badania archeologiczne, z czasem zakrojone na niespotykaną wówczas w Polsce skalę i wykorzystujące – obok archeologii – aparat badawczy wielu innych dyscyplin naukowych oraz wszelkie dostępne wówczas możliwości techniczne, łącznie z fotografią lotniczą wykonywaną z balonów obserwacyjnych.
Cieszący się zaledwie od kilkunastu lat odzyskaną niepodległością Polacy powszechnie zaakceptowali pogląd o prasłowiańskich twórcach Biskupina, a miejsce to nazwane "Polskimi Pompejami" szybko uznano za symbol prasłowiańskich korzeni Polaków i wielkie osiągnięcie polskiej archeologii. Idea ta budziła emocje patriotyczno-nacjonalistyczne, zwłaszcza wobec prowadzonej przez III Rzeszę antysłowiańskiej propagandy.
Do 1939 roku postawiono pierwsze rekonstrukcje biskupińskich budowli, zorganizowano ekspozycję archeologiczną, wykonano modele osady i poszczególnych obiektów oraz postawiono dwa pomosty widokowe dla coraz większej rzeszy turystów odwiedzających Biskupin. Wykopaliska biskupińskie zwiedziło wówczas około 400 tys. osób, również z zagranicy, wśród których znajdowało się wiele znakomitości ze świata kultury i nauki oraz osób wysoko postawionych w hierarchii państwowej, kościelnej i wojskowej z prezydentem Ignacym Mościckim na czele.
W okresie okupacji do polityki próbowali wykorzystać Biskupin Niemcy szukając dowodów na "pragermańskość" tych ziem. W latach 1941-1943 badania wykopaliskowe w Biskupinie prowadzone były przez Ahnenerbe, organizację powołaną przez Himmlera do penetracji dóbr kulturowych podbitych państw.
Po wojnie badania wznowiono w 1946 roku, ale nigdy już nie osiągnęły one takiego rozmachu jak wcześniej. Efekty pracy naukowców z czasem definitywnie wykluczyły pogląd o prasłowiańskim rodowodzie budowniczych prehistorycznego Biskupina.
Do początku lat 80. tradycyjne datowanie Biskupina opierało się na analizie porównawczej zabytków odkrytych podczas wykopalisk. Na tej podstawie archeolodzy datowali osiedle na wczesną epokę żelaza. Większość przedmiotów brązowych należała jednak do V, a nawet IV okresu epoki brązu (ok. 1000-800 p.n.e.).
Rozstrzygające dla Biskupina okazały się badania dendrologiczne, polegające na analizie kolejności przyrostu słojów drzew. Naukowcy doszli do wniosku, że drewno dębowe na budowę zostało ścięte w latach 747-722 p.n.e. Ponad połowę budulca uzyskano zimą 738/737 roku p.n.e.
W 2018 r. ślady osady obronnej sprzed ok. dwóch i pół tysiąca lat, czyli z czasów grodów takich, jak Biskupin, odkryli w Jatwiezi Dużej w gminie Suchowola (Podlaskie) archeolodzy z Muzeum Podlaskiego w Białymstoku.
Czytaj też:
W „warmińskich Pompejach” odkryto szczątki ofiary najazdu Litwinów z 1354 r.