W średniowieczu wytworzyło się symboliczne spojrzenie na świat, czego wyrazem są dzieła literackie i ikonograficzne. Symbolizacja nie ominęła także kotów. Wytworzyła się wokół nich bogata i dwuznaczna symbolika, która odbiła się na ich traktowaniu w rzeczywistości. Podobnie jak inne futerkowe zwierzęta, koty związane były z kobiecością. Średniowiecze wykształciło pogląd, że kobieta może reprezentować tylko dwa przeciwstawne sobie stany: świętości i zła.
Umiejętności w łapaniu myszy, przywodziły na myśl boską sprawiedliwość, przed którą żaden grzesznik się nie uchroni. W tym kontekście kot pojawił się np. na jednej z kwater piętnastowiecznej „Tablicy Dziesięciorga Przykazań” z kościoła mariackiego w Gdańsku, poświęconej siódmemu przykazaniu, sugerując, że każdy złodziej zostanie złapany. Ochronę przed złem, grzechem i chorobą symbolizują liczne koty w scenach domowych, np. na drzeworycie z okresu Czarnej Śmierci z piętnastowiecznej księgi Kethan z Wenecji. W późnym średniowieczu kot pojawiał się także w scenach z życia Maryi, często podczas Zwiastowania, jak w pracach de Beera czy na wotywnym obrazie z kościoła Bernardynów we Wrocławiu.
Istnieje też wiele średniowiecznych legend związanych z kotami. Jedne z ciekawszych wiążą się ze zwierzętami umaszczonymi w stylu tabby, tj. z charakterystycznymi prążkami na głowie układającymi się w literę M. W tradycji chrześcijańskiej związane są z postacią Maryi, która naznaczyła tak kota w podzięce za to, że jego mruczenie uśpiło płaczącego małego Jezusa. Z kolei muzułmańska legenda mówi, że prążki te są odbiciem palców Mahometa, znanego skądinąd z upodobania do kotów.
Dużo częściej spotykało się jednak wizerunki kotów w ich negatywnym znaczeniu. Nocny tryb życia, widzenie w ciemności, cichy chód i niezależność przyczyniły się do uznawania ich jeśli nie za wysłanników diabła, to przynajmniej za stworzenia moralnie wątpliwe. Towarzyszyły samotnym kobietom, które uznawano za czarownice, stąd koty stały się albo wcieleniami diabła, albo innych złych postaci. Jedną z form, jakie mógł przybrać diabeł, był właśnie czarny kot. Znamienne jest to, że heretyków oskarżano o czczenie diabła pod tą postacią lub samych kotów. Nawet templariusze podczas swojego procesu z lat 1307–1314 byli zmuszeni do przyznania się do kultu demona o kociej głowie.
O ile do oskarżenia czarownicy konieczne były mniej lub bardziej prawdopodobne dowody, na niektórych obszarach koty uznawane były za winne z samej swej natury, co objawiało się ich publicznym zabijaniem. Masowe morderstwa kotów były powiązane z procesjami i festynami. W drugą środę Wielkiego Postu w Ypres organizowano publiczną procesję, która kończyła się zrzucaniem kotów z wieży. W Paryżu natomiast palono koty na placu w dniu św. Jana w obecności króla i notabli, ku uciesze gapiów i władcy. Podobne zabawy miały także miejsce w Metz.
Oprócz podejrzeń o demoniczne konszachty, panowało także przeświadczenie o innego rodzaju szkodliwości kotów. Przesądy dotyczące duszenia dzieci w kołyskach przetrwały nawet do dzisiaj. Św. Hildegarda z Bingen (1098–1179) przekonywała, że zjedzenie kociego mózgu wywołuje obłęd, a całe jego ciało jest trujące. Niektórzy średniowieczni przyrodnicy i lekarze twierdzili też, że to koty były przyczyną nocnych skurczy i duszności, a nawet śmierci. Większość jednak przyrodników tego okresu nie miała tak negatywnych opinii na temat tych zwierząt, wykorzystując nawet produkty ich pochodzenia, jak tłuszcz czy odchody, jako składniki medykamentów.
Jednak koty miały w tym okresie także inne, czysto utylitarne znaczenie. O ile mięso kotów było kulturowo niejadalne (z wyłączeniem sytuacji ekstremalnych, w postaci wojen czy głodów), to kocie futro było w cenie. Zachowały się przepisy prawne nakazujące sprzedawcom informowanie kupujący o gatunku futra, by zapobiegać fałszerstwom. Kocie futra były podobne do króliczych, ale dużo od nich tańsze. Ubieranie się w ten rodzaj futer był powszechny, choć nie zawsze uważano to za honorowe. Żyjący w drugiej połowie XI wieku św. Wulstan, biskup Worcester, odmawiał ubierania się w kocie skóry. Wyznał on: „nigdy nie słyszałem, by śpiewano «cattus Dei», lecz jedynie «agnus Dei», dlatego nie chcę się ogrzać przy pomocy kociej, lecz baraniej skóry”.
O powszechności używania kocich futer świadczą liczne szczątki tych zwierząt ze śladami po skórowaniu. Kuśnierze i garbarze wyrzucali je do studni, jak w Southampton, czy chowali za domem, jak prawdopodobnie we Wrocławiu przy ulicy Więziennej 10–11. Pozyskiwali oni koty poprzez wyłapywanie błąkających się osobników. Teksty literackie dawały właścicielom liczne wskazówki, jak ustrzec koty przed chciwymi kuśnierzami. Zalecały m.in. opalanie futra, by nie były już tak atrakcyjne. Aby zapobiegać wychodzeniu kotów z domów, proponowano obcinanie im uszu i ogonów, by zawstydzone zwierzaki nie miały ochoty opuszczać mieszkania.
Nowożytność, czyli jak wracać do łask
„Najmarniejszy kot jest arcydziełem” (Leonardo da Vinci)
Od końca średniowiecza liczba źródeł pisanych i ikonograficznych odnośnie kotów wyraźnie się zwiększa. Nie przypisywano im już tak demonicznej symboliki, niemniej jednak przykłady okrutnego traktowania kotów przybierały nawet bardzo wyrafinowane formy.
Podczas procesji w Brukseli w 1547 roku na cześć cesarza Karola V (1500–1558) przedstawiono „kocie organy”: zwierzęta zamknięto w pudle tak, że wystawały im tylko ogony, za które pociągano w taki sposób, że „grały” melodię. Kiedy Katarzyna Medycejska (1519–1589) świętowała przejęcie Cambrai w 1587 roku, trzy koty zamknięto w wiklinowym koszu i spalono żywcem ku uciesze gawiedzi.