Dawniej ciała papieży były pozbawiane wewnętrznych organów i konserwowane. W XX wieku od tradycji usuwania organów odstąpiono, co w przypadku jednego z papieży, niewłaściwie zabalsamowanego i zabezpieczonego do publicznego okazania, doprowadziło do makabrycznych wydarzeń w trakcie jego pogrzebu.
Ciała wielu papieży, nawet współczesnych były wielokrotnie ekshumowane i kolejny raz chowane, bardzo często ze względu na proces beatyfikacyjny i kanonizacyjny. Jednak w średniowieczu zdarzyła się także ekshumacja i sąd nad martwym ciałem, które miała pognębić poprzednika urzędującego papieża.
Jak z kolei pokazało wiele przypadków w XX wieku trumna z papieżem może być przenoszona w nowe miejsce, a same szczątki mogą zostać wystawione na widok publiczny. Tak jest w przypadku trzech papieży, których ciała i dziś można oglądać w szklanych sarkofagach w Bazylice Św. Piotra.
Synod trupi
Jednym z najbardziej makabrycznych przykładów ekshumacji papieskiego ciała i jego złego potraktowania po śmierci jest tzw. synod trupi.
W 897 roku papież Stefan VI, związany z politycznym stronnictwem Spoletan, wybieranych wówczas na cesarzy, zarządził ekshumację swojego zmarłego poprzednika papieża Formozusa (pomiędzy Formozusem i Stefanem był jeszcze 15-dniowy pontyfikat papieża Bonifacego VI).
Formozus wpierw popierał Spoletan, później skłócił się z nimi i koronował na cesarza nieślubnego potomka dynastii Karolingów – Arnulfa. Prawdopodobnie to właśnie dlatego Stefan VI, pod wpływem Spoletan, którzy właśnie odzyskali władzę w Rzymie, zwołał synod, nazwany trupim, który pośmiertnie osądził jego zmarłego poprzednika.
Stefan VI kazał wydobyć zwłoki zmarłego siedem miesięcy wcześniej Formozusa z grobu, ubrać je w szaty pontyfikalne i posadzić na tronie. Synod sądził nieżyjącego papieża za krzywoprzysięstwo, nielegalne objęcie tronu papieskiego i inne przestępstwa. Zmarłego papieża uznano za winnego, a jego papiestwo oraz wszystkie wydane decyzje unieważniono. W efekcie nieżywemu papieżowi zdarto szaty, odcięto trzy palce, którymi za życia udzielał błogosławieństw. Jego ciało ostatecznie zostało w makabrycznej procesji przeciągnięte ulicami Rzymu i wrzucone do Tybru.
Takie postepowanie szybko zemściło się na samym Stefanie VI. Zwolennicy Formozusa, w tym wyświęceni przez niego duchowni, już w sierpniu 897 roku opowiedzieli się przeciw niemu. Oburzenie ludu rzymskiego i zwolenników poprzedniego papieża doprowadziło do uwięzienia Stefana VI, odebrania mu insygniów władzy papieskiej, uwięzienia, a następnie zamordowania go.
Jeszcze w grudniu tego roku, papież Teodor II zwołał synod, który unieważnił postanowienia trupiego synodu. Wtedy też, wyłowione z Tybru szczątki Formozusa pochowano w bazylice na Lateranie. To jednak nie był koniec sprawy, bo papież Sergiusz III ponownie potępił Formozusa i unieważnił wszystkie nadane przez niego święcenia, a także rehabilitował Stefana VI.
Celestyn V – papież, który dobrowolnie abdykował
W kontekście zmarłego Benedykta XVI często przypomina się postać Celestyna V, papieża z XIII wieku. To ostatni papież, który w pełni dobrowolnie abdykował z urzędu przed Benedyktem XVI. Wcześniej dobrowolnie abdykował Benedykt IX w XI wieku, po tym jak najprawdopodobniej sprzedał swój urząd. Co ciekawe, kilka lat później został ponownie wybrany na papieża. Po Celestynie V abdykował jeszcze Grzegorz XII na soborze w Konstancji w 1415 roku, jednak zmusiły go do tego okoliczności, to znaczy chęć zażegnania trwającej schizmy.
Natomiast Celestyn V papieżem był jedynie kilka miesięcy. Ustąpił w wieku 85 lat. Gdy zorientował się, że nie jest w stanie dobrze poradzić sobie z pełnieniem urzędu, zapragnął powrócić do wcześniejszego życia jako pustelnik. Polecił sprawdzić dwóm kardynałom, czy prawo kanoniczne zezwala na abdykację i po uzyskaniu twierdzącej wykładni, zrezygnował z urzędu.
Jego następca Benedykt VIII nie pozwolił jednak Celestynowi na powrót do pustelniczego życia, gdyż obawiał się schizmy. Dlatego uwięził Celestyna, który wkrótce potem zmarł. Papież nie brał udziału w pogrzebie swojego poprzednika, ale miał odprawić za niego mszę żałobną.
Trumna Celestyna spoczywa w Santa Maria di Collemagio w mieście L'Aquila pośród gór środkowych Włoch z których pochodził sam papież i gdzie wiódł żywot pustelnika. Obecnie szczątki Celestyna są wystawione w szklanym sarkofagu. Jego czaszka przykryta jest stworzoną w 2013 roku srebrną maską, która powstała na podstawie cyfrowej rekonstrukcji twarzy papieża. Wcześniej, o dziwo, była przykryta woskową maską XX-wiecznego arcybiskupa L'Aquily.
Dokument legalizujący rezygnację Celestyna był jedną z formalnych podstaw dla rezygnacji Benedykta XVI. Sam niemiecki papież odwiedził L’Aquilę w kwietniu 2009 r. po trzęsieniu ziemi. Cztery lata później sam zrezygnował z urzędu.
Ekshumacja i pogrzeb papieskiego poprzednika w 1802 roku
Uczestnictwo papieża w pogrzebie swojego poprzednika, jak ma to miejsce w przypadku papieża Franciszka, który wziął udział w pogrzebie Benedykta XVI jest czymś niezwykłym i precedensowym. Pierwszy raz urzędujący papież bierze udział w pogrzebie poprzednika, który abdykował.
Jednak w 1802 roku miał już miejsce nietypowy pogrzeb papieża przez jego bezpośredniego następcę. Uroczysty pogrzeb Piusa VI był odprawiony przez Piusa VII. Trzeba jednak dodać, że był to drugi pogrzeb tego papieża, chociaż pierwszy z zachowaniem papieskiego rytuału.
Pius VI zmarł we francuskiej Valence, więziony przez Napoleona. Był papieżem, który stanowczo potępił rewolucję francuską (zresztą podobnie potępił insurekcję kościuszkowską, wcześniej pochwalając konfederację targowicką i nie potępiając rozbiorów Polski, zalecając ustąpienie przed przemocą).