Na kolejnym spotkaniu Rady Ministrów w dniu 12 października premier zaatakował nieobecnego Naczelnego Wodza, zgodnie z prawdą stwierdzając, iż ten „nie dał żadnego konkretnego wniosku w sprawie użycia Armii Krajowej i nie zajął stanowiska w sprawach powstania przeciw Niemcom”. Zapomniał jednak, że tego rodzaju decyzja polityczna, zgodnie z dekretem prezydenta z 27 maja 1942 r., leżała wyłącznie w kompetencjach rządu. Sosnkowski oczekiwał więc na deklarację, czy Armia Czerwona po wkroczeniu na terytorium Polski ma być traktowana jako wróg czy jako sprzymierzeniec. Sam warunkował porozumienie z Sowietami uznaniem przez nich granic z traktatu ryskiego oraz rozwiązaniem Związku Patriotów Polskich i dywizji Berlinga. Świadomie formułował postulaty niemożliwe do zaakceptowania przez Kreml, chcąc uniemożliwić w ten sposób wszelkie daremne, w jego opinii, ustępstwa.
18 października Naczelny Wódz otrzymał do konsultacji rządowy projekt Instrukcji dla kraju, zawierającej możliwe warianty postępowania AK po wkroczeniu Armii Czerwonej na przedwojenne terytorium Rzeczpospolitej. Cztery dni później, po naniesieniu wielu uwag, przekazał go z powrotem do Komitetu Ministrów do spraw Kraju. W swoim memoriale zaznaczył, że decyzja o powstaniu powszechnym powinna być zależna od oceny, czy ma ono realne szanse powodzenia. Sukces uzależniał z kolei od trzech czynników: gwałtownego spadku morale okupanta, alianckiego wsparcia materiałowego i lotniczego, wreszcie od pomocy sprzymierzonych wojsk z zewnątrz. W tym czasie wiedział już, że stosunek Brytyjczyków do sprawy zaopatrzenia w Polsce jest jednoznacznie negatywny ze względu na ich relacje z ZSRR. W podsumowaniu konkludował:
Rozpaczliwe są akty w życiu narodów niekiedy nieuniknione ze względu na zbiorowe uczucie społeczeństwa, na symbolikę polityczną tych aktów i ich znaczenie moralne dla potomności. Jestem jednak przekonany, iż Rząd zechce dobrze rozważyć symbolikę i znaczenie aktu rozpaczy, dokonywanego w warunkach, które wbrew naszym intencjom mogłyby siłą rzeczy ułatwić, przy naszej niejako pomocy, realizację interesów drugiego okupanta. Okupantem zaś nie obrońcą byłaby Rosja Sowiecka, która nie dopełni warunku uszanowania integralności naszego terytorium i naszej suwerenności państwowej.
25 października projekt Instrukcji dla kraju wraz z komentarzami Sosnkowskiego został poddany pod dyskusję na naradzie zorganizowanej przez prezydenta Raczkiewicza. Premier odrzucił na niej koncepcję uzależniania stosunków dyplomatycznych z ZSRR od nierealnych postulatów Naczelnego Wodza. Przekonywał natomiast, że przywrócenie wzajemnych relacji mogłoby uchronić Polskę od „prób tworzenia rządu przed Sowiety”. Uważał, że nawet najgorszy układ będzie lepszy niż żaden. Tego samego dnia ustalono wspólną treść Instrukcji dla kraju, która w razie załamania Niemców na froncie przewidywała dwa warianty postępowania: uzgodnione z aliantami powstanie powszechne bądź – w razie braku akceptacji Anglosasów – wzmożona akcja sabotażowo-dywersyjna o charakterze demonstracji. W przypadku nienawiązania stosunków dyplomatycznych z ZSRR nakazywała ona pozostanie oddziałów AK w konspiracji.
Skomplikowana i mglista instrukcja, która stanowiła wyraz kompromisu między Naczelnym Wodzem a premierem, nie spotkała się z dobrym przyjęciem w kraju. Dowódca AK, gen. Tadeusz Komorowski „Bór” jeszcze przed jej otrzymaniem pisał do Sosnkowskiego, że wobec wkroczenia Armii Czerwonej musi zapaść decyzja „jednolita, zdecydowana, politycznie celowa i historycznie czysta”. Po otrzymaniu niejasnych i w jego opinii niemożliwych do realizacji zaleceń, zdecydował się na samodzielne kroki, dając w listopadzie sygnał do wzmożenia akcji sabotażowo-dywersyjnych o kryptonimie „Burza”. Oddziałom walczącym z Niemcami nakazał ujawnienie się przed wkraczającymi Sowietami. W ten sposób chciał „dokumentować istnienie Rzplitej”.
Wieść o tym dotarła do Londynu dopiero 1 stycznia 1944 r., a więc niemal dwa miesiące później. Sosnkowski, przekonany o fatalnych skutkach tego rozwiązania, w odpowiedzi wystosował do Mikołajczyka list, w którym pisał między innymi:
Decyzja o ujawnieniu wobec Sowietów] jest w moich oczach rozpaczliwym porywem całopalnym Kraju, mającym na celu zadokumentowanie praw Polski do istnienia.
Nie zdecydował się jednak na wydanie Komorowskiemu kategorycznego zakazu odstąpienia od operacji „Burza”. Wiedział zapewne, że podobnie jak szereg innych poleceń, w tym uwagi do Instrukcji dla kraju, zostałby on zignorowany. Wydaje się, że nie chciał kwestionować też oceny sytuacji znajdujących się na miejscu i gotowych do najwyższych poświęceń oddziałów AK. W depeszy do „Bora” wyrażał bowiem „najwyższy szacunek” wobec powziętej przez niego decyzji i deklarował gotowość przybycia do okupowanej Polski. Mimo sprzeciwu Naczelnego Wodza, rząd zdecydował się 18 lutego na uzupełnienie Instrukcji dla kraju o polecenia dowódcy AK.
Sosnkowski tymczasem zaczął odnosić się do brytyjskich sojuszników z wyraźną niechęcią. Naciski Churchilla do zaakceptowania przez polski rząd granicy na linii Curzona uważał za szczyt bezczelności. W konsekwencji znalazł się w ogniu krytyki anglosaskiej prasy. Coraz częściej pojawiały się żądania jego dymisji. Ze względu na swoje bezkompromisowe stanowisko zaczynał tracić dotychczasowych sprzymierzeńców. Dotyczyło to zwłaszcza prezydenta, który obawiał się, że polityka Naczelnego Wodza może doprowadzić do izolacji Polski w obozie aliantów. Kilka miesięcy później, w maju, Raczkiewicz zdecydował o cofnięciu dla generała nominacji na swojego następcę, którą to wręczył mu pierwotnie jeszcze w 1939 r.
QUIZ:
Jak dobrze znasz historię Powstania Warszawskiego? Sprawdź swoją wiedzę!
W tej sytuacji Sosnkowski zaczął szukać wsparcia przede wszystkim w wojsku, głównie zaś u generała Andersa, z którym utrzymywał stały kontakt. W korespondencji z nim przekonywał, że fatalne położenie kraju może odmienić jedynie takie wzmocnienie Anglików i Amerykanów, które pozwoliłoby im na skonfrontowanie się z Moskwą. „Stoimy niezachwianie przy Tobie, Generale” – odpowiedział mu w jednej z depesz dowódca II Korpusu.