Nie istniał jednak jednolity program szkoleniowy. Spowodowane to było dwoma czynnikami. Po pierwsze, ośrodki szkoleniowe (STS – Special Training School) miały sporą dowolność w kwestii nauczania. Przykładowo, kurs spadochronowy w Ringway trwał tydzień, ale jeśli dostało się przydział do Largo House, gdzie ćwiczyli spadochroniarze Sosabowskiego, to spędzało się tam od dwóch do czterech tygodni. U podstaw drugiej przyczyny leżała sama koncepcja „Cichociemnych”.
Celem było nie stworzenie wydzielonych oddziałów wojskowych, lecz wyszkolenie ludzi, którzy następnie mieli wspierać struktury Państwa Podziemnego i oddziały AK. Z tego powodu Oddział VI pozostawał w ciągłym kontakcie z Komendą Główną i przede wszystkim na podstawie sugestii opracowywanych przez KG AK modyfikował programy szkoleniowe tak, by jak najlepiej dopasowane były do potrzeb i sytuacji w kraju. Ośrodki szkoleniowe Oddziału VI miały za cel zaspokajanie potrzeb AK i w związku z tym kończyli je żołnierze o różnych specjalizacjach, których szkolenie skupiało się na wybranych zagadnieniach. Z zasady cichociemnych podzielić można na trzy grupy:
Oficerowie przeszkoleni do działań bieżących, specjaliści od dywersji, sabotażu i walki zbrojnej, oficerowie wywiadu, łącznościowcy i sztabowcy, specjaliści od dywersji technicznej, wywiadu morskiego, mikrofotografii, walki propagandowej i fałszerstw.
Ludzie potrzebni Komendzie Głównej do przygotowania powstania zbrojnego i późniejszego odtwarzania sił zbrojnych w kraju. W tej grupie znajdowali się lotnicy, instruktorzy, oficerowie sztabowi zajmujący się łącznością, oficerowie wojsk pancernych, dowódcy oddziałów i lekarze.
Kurierzy i emisariusze polityczni ze sztabu oraz Ministerstwa Spraw Wewnętrznych do Delegatury Rządu na Kraj.
Zaznaczyć można, że kurierzy i emisariusze MSW, zwani „kociarzami” od nazwiska ministra spraw wewnętrznych, Stanisława Kota, byli w tym gronie jedynymi cywilami. Kurierzy Sztabu Naczelnego Wodza byli zazwyczaj zarazem dowódcami grup spadochronowych i po wykonaniu misji kurierskiej wracali do swych podstawowych ról w ramach pozostałych specjalności.
Pewnym nieoczekiwanym elementem szkolenia były... kursy zawodowe. Zrzucani w kraju cichociemni mieli przygotowane „legendy”: fałszywe tożsamości, dzięki którym możliwe było życie w konspiracji. W jej ramach nie tylko przygotowywano fałszywe dokumenty i życiorys, ale także uczono zawodów, które „oficjalnie” wykonywał skoczek. Uczęszczano więc na kursy zawodowe cukierników, kolejarzy, mechaników, spawaczy, hydraulików etc.
Ochotnicy
Nawet najlepsze programy szkoleniowe na nic by się zdały bez ludzi. W początkowym okresie przyjmowano wszystkich chętnych, szybko zorientowano się jednak, że w ten sposób nie ma żadnej kontroli nad tym, kto trafia na szkolenie. Rozpoczęto więc proces selekcjonowania kandydatów, który z upływem czasu stawał się coraz bardziej rygorystyczny. W trakcie pierwszej połowy 1941 roku zaciągiem do cichociemnych objęto wszystkie jednostki Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie.
Jak połączono masowość zaciągu z jednoczesnym utrzymaniem jego tajności? Procedura wyglądała następująco: najpierw do wytypowanej jednostki przyjeżdżała delegacja oddziału VI. Zwracała się ona do dowódcy jednostki z prośbą o wytypowanie najlepszych kandydatów do działań specjalnych. Na tym etapie często dochodziło do animozji między dowódcami a Oddziałem VI, mało kto bowiem chciał się rozstawać ze swymi najlepszymi ludźmi. Następnie delegacja przeprowadzała rozmowy z wytypowanymi kandydatami, zobowiązując ich do utrzymania tajemnicy i proponując „skok do kraju”, czyli wzięcie udziału w specjalnej operacji mającej na celu przeszkolenie go i przerzut do Polski. Następnie dawano żołnierzowi czas do namysłu. Jeśli wyraził zgodę, kierowano go na szkolenie.
Tajność była bardzo ważnym elementem całego procesu. Cichociemni mieli walczyć w warunkach konspiracyjnych, kluczowe więc było, by Niemcy nie poznali zawczasu ich tożsamości. Zdarzało się, że prowadziło to do dość krępujących sytuacji, jak na przykład ta, która spotkała Stanisława Jankowskiego „Agatona”. Wyraził on chęć wzięcia udziału w programie szkoleniowym i trafił na kurs dla oficerów wywiadu, prowadzony przez szefa kontrwywiadu II RP, płk Stefana Mayera. Sęk w tym jednak, że kurs był zakonspirowany jako Oficerski Kurs Doskonalący Administracji Wojskowej. Gdy więc w dotychczasowej jednostce Jankowskiego dowiedziano się, gdzie się on zgłosił, „Agaton” musiał znieść sporo docinków i nieprzychylnych komentarzy pod adresem administracyjnych gryzipiórków, unikających prawdziwej wojaczki.