Dramatyczne epidemie w XVII i XVIII w Polsce i innych krajach Europy wywoływały też wzrost niepokojów społecznych. Coraz częstsze były oskarżenia o świadome wywoływanie chorób. Ich ofiarami bywali m.in. grabarze, cyrulicy i znachorzy, których podejrzewano o chęć dorobienia się na fałszywych medykamentach lub organizacji pogrzebów. Oskarżano również społeczność żydowską, której przedstawiciele mieli rzekomo rzadziej zapadać na choroby epidemiczne. 7 marca 1711 r. stracono w Lublinie trzech grabarzy oskarżonych o rozprzestrzenianie zarazy. W czasie tortur przyznali się do winy z chęci zysku: „Żeśmy trupią głowę rozbili i mózg wybrali i smarowaliśmy drzwi u kamienic i domów”. Epidemie XVII wieku wpływały także na ówczesną, barokową fascynację śmiercią i przemijaniem.
Epidemie dżumy w Europie wygasły do początku XIX wieku. Do tego czasu czarna śmierć zebrała straszliwe żniwo. W miarę wiarygodne szacunki liczby zmarłych w Prusach mówią o 300 tys. ofiar w latach 1709–1713. W 1771 r. zaraza w Moskwie zabiła od 50 do 100 tys. mieszkańców, czyli nawet 1/3 populacji miasta. Dżuma miała powracać do Europy w kolejnych dziesięcioleciach, ale już na nieporównywalnie mniejszą skalę. Koszmarem wieku XIX miały się stać epidemie cholery.
XIX wiek i cholera
U progu lat dwudziestych XIX wieku w relacjach kupców podróżujących do Indii i Azji Południowo-Wschodniej pojawiają się opisy choroby objawiającej się wymiotami, biegunką, utratą wagi i plamami na ciele. Arabscy żeglarze nazywali ją „kholera”, co oznacza „upływ żółci”. Jej ekspansja rozpoczęła się od najdalszych regionów Azji, włącznie z zamkniętą dla świata Japonią. W 1830 r. dotarła do Rosji, a następnie pozostałych krajów Europy. Egzotyczna choroba została początkowo potraktowana jako niegroźna ciekawostka z najdalszego krańca świata. Niemiecki poeta Heinrich Heine pisał o pierwszych dniach zakażenia: „Ponieważ było to śródpoście [czwarta niedziela Wielkiego Postu – przyp. red.], świeciło słońce, a i pogoda była urocza, paryżanie spacerowali tłumnie z tym większą prostodusznością po bulwarach, gdzie zobaczyć można było maski, które parodiując chorobliwe zabarwienie i przygnębioną twarz, szydziły z lęku przed chorobą i z samej choroby”.
Bogatym paryżanom i mieszczanom z innych metropolii ówczesnej Europy wydawało się, że cholera zbiera swoje żniwo wyłącznie wśród najniższych kręgów społecznych. Jednak już w 1831 r. na tę chorobę zmarł książę Konstanty Romanow, który po ucieczce z Warszawy w listopadzie 1830 r. obserwował działania rosyjskiej armii przeciwko powstańcom. Niemal w tym samym czasie, 10 czerwca 1831 r., zmarł dowodzący wojskami carskimi feldmarszałek Iwan Dybicz Zabałkański. Również w 1831 r. cholera zabrała wielkich przedstawicieli pruskiego życia intelektualnego – Carla von Clausewitza i Georga Wilhelma Hegla. Prawdopodobnie ofiarą jednej z kolejnych fal zarazy był Adam Mickiewicz, zmarły w 1855 r. w Stambule.
Pandemie cholery stanowiły przełom w myśleniu o przeciwdziałaniu chorobom zakaźnym. W 1854 r. brytyjski lekarz John Snow rozpoczął badania nad rozprzestrzenianiem się cholery w najbiedniejszych dzielnicach Londynu. Jego zdaniem obowiązująca od średniowiecza teoria miazmatów, czyli wywoływania chorób przez „złe powietrze”, była błędna. Snowowi udało się zidentyfikować źródło zarazy – studnię znajdującą się w epicentrum zachorowań. W ciągu kilku kolejnych dziesięcioleci odkrycie przyczyn cholery doprowadziło do rozpoczęcia walki z epidemią m.in. przez budowę nowoczesnych wodociągów i kanalizacji. Urbaniści i architekci dążyli też do rozgęszczenia zabudowy, m.in. dzięki budowie parków. W miastach wprowadzano także przepisy zabraniające wylewania nieczystości do rynsztoków lub wprost na ulicę. W największych ośrodkach, a następnie mniejszych miastach ziem polskich rozpoczęto również kontrolę jakości wody i sprzedawanej żywności. Coraz więcej działań podejmowały instytucje państwowe, np. wydając przepisy sanitarne na wypadek epidemii, „[…] by każde podejrzenie o cholerę było zgłaszane władzy politycznej powiatowej” – stwierdzano w regulacjach obowiązujących we Lwowie w 1910 r.
Wielkie znaczenie dla walki z epidemiami miały także inicjatywy charytatywne. Na początku I wojny światowej biskup krakowski książę Adam Sapieha stworzył sekcję sanitarną złożoną głównie z szeregów studentów medycyny. Ich zadaniem było docieranie do najmniejszych wsi Galicji w celu zaszczepienia miejscowych chłopów. Działania te mogły uratować nawet trzy miliony mieszkańców tego regionu. Szczepienia przeciwko tyfusowi ograniczyły z kolei ryzyko epidemii tej choroby podczas II wojny światowej. Produkowane w słynnym lwowskim laboratorium Rudolfa Weigla szczepionki były przemycane do gett, w których tyfus zbierał największe żniwo.
W XIX wieku wciąż jednak zarazy stanowiły ogromne zagrożenie dla porządku społecznego. W 1846 r. epidemia cholery dotknęła Małopolskę i Podhale. Poprzedziły ją katastrofalne klęski nieurodzaju i powodzie. W wielu miejscach wybuchały rozruchy głodowe, które ostatecznie przerodziły się w rzeź galicyjską. Chaos potęgowały migracje ludności, która przenosiła zarazki na inne obszary.
Hiszpanka
Wielkie przemieszczenia mas ludności przyczyniły się również do szybkiej ekspansji najstraszniejszej pandemii ostatnich dwustu lat – grypy hiszpanki. Według różnych szacunków zabiła ona na całym świecie od 50 do nawet 100 mln osób, a zachorowało blisko 500 mln. Wbrew nazwie wirus został do Europy przeniesiony z USA przez żołnierzy amerykańskich udających się na front. Hiszpanka różniła się od większości pandemii w dziejach świata. Zabierała nie najsłabszych i obciążonych poważnymi chorobami, ale przede wszystkim ludzi młodych i w średnim wieku. Śmiertelność podwyższał fakt, że hiszpanka spadła na społeczeństwa europejskie osłabione fatalnymi warunkami egzystencji w czasie I wojny światowej.