Nie mniej uwagi przyciągała obecność niepłatnego wojska. Żołnierzy wspierała zwłaszcza szlachta ruska, która napominała obradujących, że nad Rzeczpospolitą wisi ciągłe zagrożenie tatarskie, tym większe, że wojsko nie otrzymało jeszcze należnych pieniędzy. Szukano więc źródeł finansowania armii, co przychodziło z trudem. Jednocześnie trwało śledztwo specjalnej komisji sejmowej badające kulisy działalności dworu królewskiego w ostatnich miesiącach jego panowania, mające na celu odkryć przyczynę zaistniałych nieprawidłowości finansowych. Prowadzone dochodzenie – szczegółowo opisane przez Świętosława Orzelskiego, jednego z członków komisji – ukazało smutny obraz ostatnich dni życia Zygmunta Augusta: manipulowanego, oszukiwanego, trapionego chorobą, nadużywającego uciech seksualnych, które – stwierdziła komisja – były przyczyną jego śmierci. Polityczny galimatias wzmagało przybycie możnych litewskich, którzy domagali się rewizji postanowień unii lubelskiej, w szczególności tych dotyczących zmiany granic pomiędzy Koroną i Litwą.
W rezultacie sejm elekcyjny podejmował wiele problemów nieuwzględnionych w pierwotnym planie, co znacznie wydłużało obrady i przesuwało wybór nowego króla o bliżej nieokreślony czas.
O reformę praw
Obok licznych kwestii pobocznych, pojawiła się sprawa o wiele ważniejsza – korektury praw. Zgodnie z postanowieniami konwokacji, zanim szlachta zgromadzona na zjeździe mogła dokonać wyboru władcy, przeprowadzić miała najpierw reformę i spisanie prawa. Była to realizacja zasady lex est rex, której hołdował ruch egzekucyjny. Oznaczała ona, że prawo stoi nad wszelką władzą, która jest mu w pełni podporządkowana, nawet jeśli jest uświęcona królewską koroną.
Król nie był w państwie suwerenem, lecz tak jak każdy obywatel podlegał prawu pospolitemu – ius commune – które ograniczało jego uprawnienia i pozbawiało władzy absolutnej. Prawo Rzeczpospolitej miało być ostoją jej istnienia, król zaś stanowił tylko jeden z elementów ładu społecznego. Nadrzędność prawa wobec monarchy miała więc przestać być jedynie zwyczajową zasadą ustrojową, lecz stać się – jak nazywa to Wacław Uruszczak – prawem doskonałym.
Przedłużające się obrady nie sprzyjały jednak owocnej dyskusji. Sejm elekcyjny podejmował coraz to nowe, niezwiązane ze sobą tematy. Wzbudzało to coraz większą niecierpliwość wśród szlachty, dla której każdy kolejny dzień pobytu wiązał się z ogromnymi kosztami, na których zwrot nie można było liczyć. 23 kwietnia rozpoczęła się dyskusja na temat korektury prawa, została ona jednak przerwana pod wpływem ostrego sprzeciwu szlachty mazowieckiej, domagającej się natychmiastowej elekcji. Nastroje coraz bardziej nie sprzyjały jakimkolwiek reformom funkcjonowania państwa. Pojawiały się głosy nawołujące do elekcji i przesunięcia albo wręcz porzucenia idei naprawy legislatury. Zwolennicy korektury przypominali jednak, że jest ona konieczna z trzech powodów. Po pierwsze, miała ona zapobiegać nadużyciom, do jakich dochodziło za rządów Zygmunta Augusta. Po drugie, miała ona zabezpieczyć prawa i wolności szlachty innowierczej. Po trzecie zaś, miała narzucić obcemu, nieukształtowanemu przez polski system polityczny władcy karb, który umożliwiałby lepszą i skuteczniejszą kontrolę jego poczynań. Na czele stronnictwa reform stał Jan Firlej, marszałek wielki koronny i wojewoda krakowski, oraz Mikołaj Sienicki, wybitny działacz parlamentarny i wielokrotny marszałek sejmowy.
Spór z każdym dniem narastał. Grupy szlachty coraz mocniej domagały się rozpoczęcia elekcji. Szczególnie naciskany był prymas Jakub Uchański, do którego należało rozpoczęcie procedury wyboru. Komisja pracująca nad korekturą prawa działała więc pod presją. Rozpoczęto spisywanie zasad prawnych, które miałby dotyczyć nowo wybranego władcy. co chwilę wybuchała jednak nowa kłótnia. Do największego sporu doszło w czasie dyskusji nad wpisaniem do przyszłego zbioru praw fragmentu dotyczącego tolerancji religijnej. Dla biskupów katolickich i części możnowładców było to nie do przyjęcia, choć chodziło tu zapewne bardziej o pretekst niż faktyczny sprzeciw wobec aktu tolerancji.
Wybory i secesja
Wobec wykluczających się stanowisk i coraz gorętszej atmosfery na polu elekcyjnym, zdecydowano się przełożyć dyskusję o reformie praw na czas po elekcji. 3 maja 1573 roku Firlej ogłosił, iż następnego dnia rozpoczną się procedury elekcyjne, jednak głosować zaczęto jeszcze tego samego dnia wieczorem, a towarzyszyła temu atmosfera radości: „prawie co noc przez cały ten czas w różnych miejscach rozlegały się ustawnie głosy bębnów, bito z dział i moździerzy”.
Procedura głosowania trwała do 9 maja. Wieczorem znane już były wyniki wyborów. 22 województwa opowiedziały się za kandydaturą księcia francuskiego Henryka Walezego, zaś 10 nadal było przeciw, zwracając uwagę na nieprzeprowadzoną korekturę praw. Przeciwnicy Walezego skupili się głównie wokół kandydatury Jana Wazy, część możnowładców popierała także Ernesta Habsburga. Elekcja była jednak wyraźną klęską dworu cesarskiego, gdzie spodziewano się znacznie większego poparcia, a zdecydowanym faworytem stał się Walezjusz, którego niewiele dzieliło już od polskiej korony.