Konflikty takie jakie ten z Oksfordu nie były niczym nadzwyczajnym. Zarówno uniwersytetem w Paryżu, jak i w Bolonii targały spory m.in. na temat wolności akademickiej. W Oksfordzie konflikty społeczne z kolei nie wygasły jeszcze w XIV wieku. 10 lutego 1355 roku w lokalnej tawernie kłótnia pomiędzy miejscowymi a dwoma studentami przerodziła się w bijatykę, a potem dwudniowe zamieszki, w wyniku których zabitych zostało 63 akademików i około 30 mieszczan.
Po tym wydarzeniu, król Edward III potwierdził prymat uniwersytetu nad miastem, nadając mu dodatkowe przywileje i nakazując burmistrzowi oraz radzie miejskiej co roku w dniu św. Scholastyki (10 luty) przechodzić ulicami miasta z odkrytymi głowami i płacić uniwersytetowi grzywnę – jednego pensa za każdego zabitego akademika. Również od XIV wieku dwóch posłów zaczęło reprezentować uniwersytet w Izbie Gmin.
Instytucje, jakimi były uniwersytety, szybko stawały się ośrodkami nauki o znaczeniu międzynarodowym, głównie za sprawą przywilejów i uprawnień nadawanych przez Stolicę Apostolską i trwające w XIII wieku procesy emancypacyjne względem władz miejskich. Warto zaznaczyć, że to papiestwo dawało uniwersytetom prawo nadawania stopni naukowych, uznawanych wszędzie, gdzie sięgało christianitas. Z tego też powodu określano je jako studium generale, czyli szkoła powszechna, o zasięgu ogólnoeuropejskim.
Niezwykła popularność pierwszych uniwersytetów przyczyniła się do powstania kolejnych w XIII wieku. W 1220 roku powstała szkoła medyczna w Montpellier, między 1220 a 1230 rokiem szkoła prawa w Orleanie, a około 1229 roku zainaugurowano w Tuluzie studium kształcące do walki z katarami. W samej Italii w latach 1204-1248 powstało 9 uniwersytetów, w 1224 roku utworzono m.in. uniwersytet w Neapolu, będący pierwszym w historii uniwersytetem państwowym, służącym całemu południowemu królestwu cesarza Fryderyka II. W Hiszpanii proces powstawania uniwersytetów nabrał tempa dopiero pod koniec XIII wieku, choć już w 1254 roku powstało studium w Salamance.
Organizacja nauki – styl życia
Poza uniwersytetem bolońskim, paryskim czy oksfordzkim uczelnie w średniowieczu były stosunkowo małe. W Padwie ok. 1262 roku nauczało dwóch nauczycieli matematyki, jeden logiki oraz sześciu gramatyki i retoryki. W Salamance pracowało z kolei dwóch nauczycieli prawa cywilnego, trzech kanonistów, dwóch logików, gramatyków i fizyków. Oczywiście trzon uniwersytetów stanowili studenci, a tych było stosunkowo sporo, choć już nie w zestawieniu z całą populacją ówczesnej Europy.
Giovani Villani twierdził, iż we Florencji gramatykę i logikę studiowało około 600 chłopców, choć ponad 10 tysięcy florentyńskich dzieci uczyło się pisać. Zestawiając takie dane z liczbą uniwersytetów działających w XV wieku (ok. 80) można by uznać, że studentów było bardzo dużo. Warto jednakże zaznaczyć, że wraz z powstaniem nowych uniwersytetów, wzrost liczby studentów na nich odbywał się kosztem starszych uczelni.
Bez względu na dyskusje nad ilością studentów, w średniowieczu grupowali się oni w związki sąsiedzkie, będące wczesną formą korporacji akademickich, tzw. nationes (wzorem Bolonii). Nacje zrzeszały studentów pochodzących z jednego kraju lub prowincji. Przykładowo, w 1265 roku działało w Bolonii 30 nacji studenckich, do XVI w. liczba ich wzrosła do 50 – w uniwersytecie ultramontańskim wśród 15 nacji silna była z kolei nacja polska, w latach 1275–1500 licząca już kilkaset osób, a 12 Polaków było rektorami. Owe nationes wzorowały się na organizacjach mieszczańskich np. gildiach kupieckich i korporacjach cechowych.
W XII wieku funkcjonowały początkowo jako luźne związki, od następnego stulecia poczęły jednakże formalizować swoją działalność. Posiadały własne statuty, władze i skarb, a nawet medyków i notariuszy. W modelu bolońskim organizacji uniwersytetów, najwyżsi urzędnicy poszczególnych nacji współrządzili uniwersytetem razem z rektorem. Nacja utrzymywała się z wpisowego i składek członków. Dużą część dochodów stanowiły datki absolwentów, którzy po ukończeniu studiów nie zapominali o swojej nacji, a także wpływy z drobnych grzywien nakładanych na członków za różne wybryki.
Ważną cechą nacji było własne, autonomiczne sądownictwo właściwe w sprawach jej członków. Rozwój monarchii narodowych pod koniec średniowiecza przyniósł osłabienie systemowi nacji, ostatecznie rozpadł się on w renesansie, wraz z rozwojem języków narodowych.
Program nauczania był stosunkowo prosty do zrozumienia. Na uczelnie przychodzili przeważnie nastolatkowe, którzy po pięciu latach mogli uzyskać stopień bakałarza, a po następnych trzech magistra. Następnie, przez dwa lata musieli pracować w administracji po to, by móc zostać przyjętymi na jeden z wyższych wydziałów, dających po 7-8 latach stopień doktora. I tak po 5-6 latach studiów np. w Paryżu student mógł dopiero zacząć kształcić się na doktora teologii, przez osiem następnych lat poświęcać swój czas na egzegezę biblijną czy studia nad sentencjami Piotra Lombarda. W trakcie tych studiów cztery lata musiał poświęcić na pracę jako nauczyciel i pisanie traktatów takich jak np. De regime principium Tomasza z Akwinu. W Salerno z kolei studenci medycyny nie pisali traktatów, musieli jednak odbywać praktyki u boku czynnego lekarza.
W trakcie studiów odbywały się głównie wykłady, a wszystkie egzaminy były ustne. Podstawowy program nauczania obejmował z kolei przedmioty z tzw. trivium (retoryka, logika, metafizyka, filozofia, fizyka) oraz quadrivium (arytmetyka, geometria, astronomia, muzyka). Zajęcia miały głównie wymiar praktyczny, bowiem na wykładach dysputowano na tematy współczesne lub w odniesieniu do współczesności. Kształcono ludzi, którzy realnie mogli się przydać społeczeństwu średniowiecznemu. Dawały one także szansę tym, którzy przezwyciężywszy lata studenckiej nędzy, osiągali zamierzony cel i zostawali średniowiecznymi intelektualistami.