Poprawie kondycji zdrowotnej jeńców nie sprzyjały też z pewnością nieustanne, prowadzone dniem i nocą „doprosy”, czyli przesłuchania jeńców, mające na celu rozpracowanie ich pod względem ideologicznym oraz pozyskanie wśród nich agentów i tajnych współpracowników. Temu samemu celowi podporządkowana została także szeroko zakrojona działalność propagandowa. Wykorzystując takie środki, jak radio, film, prasa, książki, pogadanki czy prelekcje, usiłowano zdyskredytować Polskę, gloryfikując jednocześnie Związek Radziecki i jego potęgę. Akcja „reedukacji” jeńców i rozbudzenia w nich prosowieckiego nastawienia zakończyła się jednak fiaskiem. Łącznie, z trzech przywołanych wyżej obozów, na współpracę z władzami radzieckimi przystało niespełna 100 osób.
Katyń: egzekucja polskich obywateli
Dokładne motywacje polityczne tragicznej w skutkach propozycji Berii z 5 marca 1940 r. pozostają dzisiaj niejasne. Wiele pytań budzi chociażby nieoczekiwane połączenie przezeń losu jeńców i więźniów pozostających dotychczas pod zwierzchnictwem odrębnych struktur NKWD, czy też zawężenie wniosku o egzekucję do obywateli polskich, przebywających w obozach zlokalizowanych na terenie Kresów Wschodnich. Niejasna jest także sama data jego wystąpienia – w czasie toczącego się już procesu, poświęconego sposobom realizacji odmiennej kary dla jeńców z Ostaszkowa – czy data nabycia przez Berię przekonania o konieczności nagłej rozprawy z więźniami w „ekspresowym” trybie pozasądowym. Nie bacząc na te niejasności, Biuro Polityczne WKP(b) niemal od razu zaakceptowało decyzję szefa NKWD. W efekcie przystąpiono do realizacji zbrodniczego planu likwidacji polskich obywateli.
Pierwszy transport z Kozielska wyruszył 3 kwietnia 1940 r. – przez Smoleńsk do Gniezdowa. Tam dzielono jeńców na mniejsze grupy oraz przewożono samochodami więziennymi do uroczyska Kozie Góry w lesie katyńskim. Na miejscu funkcjonariusze NKWD ustawiali ich na krawędzi dołu, po czym przystępowali do egzekucji poprzez strzał w tył głowy. Nie było to jedyne miejsce mordowania jeńców. Część z nich zakończyła swe życie w Charkowie. Pierwszą grupę więźniów do tutejszej siedziby Zarządu NKWD przywieziono 5 kwietnia 1940 r. z obozu starobielskiego. Egzekucje odbywały się co noc. Ofiary pozbawiano życia strzałem w kark, następnie zaś ich ciała wywożono do dołów w Parku Leśnym Charkowa. Tę samą metodę mordu stosowano wobec jeńców przywiezionych do siedziby Zarządu NKWD obwodu kalinińskiego z Ostaszkowa – pierwszy transport z tego obozu wyruszył 4 kwietnia 1940 r.. Rozstrzelanych chowano w dołach, w oddalonej o 30 km wsi Miednoje.
Z egzekucji katyńskiej ocalało łącznie 395 jeńców – 2,6% ich stanu osobowego z końca marca 1940 r.
Rosyjsko-niemiecki spór o Katyń
Wydobycie na światło dzienne informacji o zbrodni katyńskiej niemal od razu uczyniło z niej narzędzie manipulacji i budowy politycznego kapitału. Wiadomość o odkryciu masowych grobów polskich oficerów w Katyniu podali do publicznej wiadomości Niemcy – 13 kwietnia 1943 r. Wyjawiając tragiczne odkrycie, kierowali się przede wszystkim chęcią skłócenia obozu aliantów. Jakkolwiek nie udało im się tego w pełni dokonać, sprawa Katynia poważnie zaciążyła na wizerunku ZSRR, kreującego się na jeden z filarów walki z Niemcami. Świadomy tego Stalin przystąpił więc do działania.
Okoliczności nadarzyły się we wrześniu 1943 r., kiedy miejsce zbrodni ponownie znalazło się po stronie radzieckiej. Już w następnym miesiącu powołano specjalną komisję, dowodzoną przez Leonida Rajchmana, która poprzez podrzucanie do masowych grobów spreparowanych dowodów miała za zadanie przygotować grunt pod działanie oficjalnej komisji. Ta swoją działalność rozpoczęła 13 stycznia 1944 r. pod wodzą prof. Nikołaja Burdenki. Efektem jej prac był raport opublikowany 25 stycznia 1944 r. Jak nie trudno wywnioskować, winą za zbrodnię katyńską obciążono w nim Niemców, dokładniej zaś jednostkę egzekucyjną, działającą pod nazwą „Sztab 537. batalionu robotniczego”. Do samej egzekucji miało zaś dojść na przełomie sierpnia i września 1941 r.