Chorągwie arcyksięcia już 12 listopada znalazły się dziewięć mil od Piotrkowa, w związku z czym wyjazd Zygmunta został wstrzymany. Dwa dni później oddziały Habsburga zaatakowały miasto, wycofały się jednak po utracie kilku ludzi. Z kolei 17 listopada maksymilianiści uderzyli na wieś Przedbórze, gdzie zabili osiemdziesięciu czterech żołnierzy marszałka Opalińskiego. Wydarzenie to wzbudziło w obozie piotrkowskim niepokój, w wyniku, czego wyjazd do Krakowa kolejny raz odłożono. Podjazd arcyksięcia nie pokusił się jednak drugi raz o zdobycie obozu Zygmunta i wycofał się do Rawy. Pospolite ruszenie spod Piotrkowa rozjechało się do swoich województw. Szlachta wieluńska oraz sieradzka uzasadniała swoją postawę tym, że pozostawiła swoje domy bez ochrony, przez co groziło im niebezpieczeństwo ze strony śląskich oddziałów Habsburga, podczas gdy większość województw – wbrew postanowieniom wiślickim – nie przybyła do Piotrkowa. Przed odjazdem szlachta uchwaliła podatek „pospolity” na rzecz swojego elekta, co miało duże znaczenie, gdyż skarb koronny cierpiał na brak pieniędzy. Plan arcyksięcia, mający na celu wstrzymanie pochodu Wazy, został zatem z powodzeniem zrealizowany.
Tymczasem 5 listopada na Rusi koronnej ponownie zebrał się generalny sejmik wiszeński. Zebrana na nim szlachta wyraziła dezaprobatę wobec decyzji zjazdu wiślickiego, uzurpującego sobie ich zdaniem moc zwoływania pospolitego ruszenia. Zgromadzeni oburzyli się także na wyznaczenie daty koronacji bez ich zgody. W związku z powyższym postanowiono wyprawić do Krakowa poselstwo. Delegaci mieli prosić o zaniechanie powziętych decyzji i napomnieć obradujących w stolicy, że tego typu przedsięwzięcia wymagają zgody obywateli województwa ruskiego. Nadto sejmik wzywał wojewodę ruskiego Stanisława Żółkiewskiego do powrotu z Krakowa i objęcia dowództwa nad pospolitym ruszeniem, które miało się zebrać 23 listopada w Rzeszowie.
Pod Krakowem 24 listopada doszło do decydującego rozstrzygnięcia w zmaganiach o stolicę. Arcyksiążę rozpoczął generalny szturm. Dysponując 6 tys. żołnierzy, w tym 2900 w pocztach polskich panów, poniósł dotkliwą porażkę, tracąc 1500 ludzi. Wojska Maksymiliana wycofały się spod miasta. Docierające do obozu piotrkowskiego wieści o porażce Habsburga zmotywowały Zygmunta do wyruszenia na sejm koronacyjny. W Nowym Mieście elekt przeprawił się przez Pilicę, po czym ruszył do Koryczna i przekroczył Wisłę. 9 grudnia Zygmunt
(...) wjeżdżał przez Kazimierz, potem przez Kleparz w bramę Ś. Florjana. Tutaj witał go imieniem Stanów Wawrzyniec Goślicki Biskup Kamieniecki. Król krótko ale po polsku odpowiedział, czym tak sobie wszystkich ujął, że prac i trudów dla niego poniesionych wnet zapomnieli i nie żałowali tego, że tak wytrwale z nim trzymali. Przyjęcie Zygmunta było wspaniałe. Oddano mu przytom trofea świeżo na Maxymiljanie zdobyte, wystawiono różne łuki tryumfalne z różnemi napisami i emblematami.
Przybycie króla do stolicy spotkało się z wielkim zadowoleniem mieszkańców, dla których oznaczało to upragnioną stabilizację. Zygmunt jeszcze tego samego dnia udał się na przegląd wojsk, który wykazał 7 tys. żołnierzy we wszystkich oddziałach, co oznaczało, że elekt przybył do miasta na czele 2 tys. zbrojnych, istotnie wzmacniając wojsko koronne. Pomimo napiętej sytuacji w kraju, na sejm przybyło co najmniej 76 posłów z Korony oraz 22 senatorów, w tym przedstawiciele wszystkich sejmików górnych, urzędnicy centralni (hetman i kanclerz, podkanclerzy, podskarbi wielki, marszałek wielki) oraz przedniejsi dostojnicy Kościoła.
Początek sejmu koronacyjnego
Maksymilian III HabsburgPrzybycie króla elekta do stolicy otworzyło właściwe obrady sejmu koronacyjnego, przed którym stanęło wiele wyzwań. Przede wszystkim trzeba było włączyć Zygmunta w prace prawotwórcze poprzez akt koronacji, czyniąc z niego pełnoprawny stan sejmujący. Ponadto obradujący w Krakowie musieli podjąć decyzję co do dalszego prowadzenia działań wojennych i znalezienia środków finansowych na opłacenie żołdu, a także ustosunkować się wobec zwolenników arcyksięcia Maksymiliana, którzy wsparli go zbrojnie w walce o koronę. Poważny problem stanowiła neutralność części Rusi koronnej i Wielkiego Księstwa Litewskiego. Litwini zdawali sobie sprawę z faktu, iż koronacja jednego z elektów dokona się bez nich. Decyzja zjazdu głównego w Wilnie o wysłaniu poselstw do królów-elektów, który odbył się w połowie listopada, w skutek klęski Maksymiliana pod Krakowem, rychło okazała się jednak nieaktualna. W tej sytuacji zdecydowano o zorganizowaniu nowego zjazdu tym razem, w Brześciu, które wyśle do Krakowa poselstwo.
Szlachta ruska przyjęła natomiast postawę różną zarówno od pozostałych województw Korony, jak i Litwy. Zebrana na sejmiku w Rzeszowie 2 grudnia, postanowiła zawiązać konfederację (co nie wykluczało obecności posłów ruskich w Krakowie). Szlachta stawiła się na zjazd licznie, o czym świadczą podpisy pod jego postanowieniami. Zgromadzeni w Rzeszowie oburzali się na wydarzenia w Koronie, uważając, że dzieją się one „z ujmą prawa pospolitego”. Szlachta krytykowała praktyki fakcyjne, które jej zdaniem doprowadziły do rozerwania elekcji oraz wojny. Uważała, iż postanowienia wiślickie oraz krakowskie, nawołujące do pospolitego ruszenia pod karą utraty majątków, to uzurpacja władzy. Sejmik ganił hetmana za zabranie pieniędzy z kwarty, twierdząc, że zrobił to niezgodnie z prawem, przez co województwo ruskie narażone było na niebezpieczeństwo. Szczególny zaś niepokój wzbudził rozkaz hetmański nakazujący zwinięcie chorągwi kwarcianych i skierowanie ich w głąb Korony. Decyzja ta była niezgodna z postanowieniami sejmu konwokacyjnego, który określił liczbę kwarcianych na Podolu na 2000 porcji, co miało na celu obronę granicy przez Tatarami.
Szlachta ruska skierowała listy do królowej Anny, biskupów koronnych oraz stanów Wielkiego Księstwa Litewskiego, aby prosili obydwu elektów o powstrzymanie działań wojennych. Zdecydowała się także wysłać pisma do samego arcyksięcia Maksymiliana oraz królewicza Zygmunta, w których nawoływała do opamiętania się. W jej mniemaniu ważną rolę miał do odegrania prymas Karnkowski, który powinien podjąć się mediacji między „stronami zwaśnionymi” i wyznaczyć nowy zjazd generalny dla całej Rzeczypospolitej. Szlachta zachęcała województwa „przyległe” (podolskie oraz wołyńskie) do wspólnej konfederacji, w której znajdowało się już województwo bełskie (sejmik bełski poparł Wazę; włączenie się do konfederacji miało na celu przede wszystkim ochronę tych ziem przed ewentualnym atakiem Tatarów). W związku tym skierowano na Podole i Wołyń listy, w których proszono o przybycie do Lwowa pospolitym ruszeniem bądź wysłanie posłów.
W czasie trwania sejmu w Krakowie nadal bardzo aktywna pozostawała szlachta wielkopolska, która – zagrożona przez wojska Habsburga – zbierała się pospolitym ruszeniem. Ponownie dotarły do niej wieści, iż arcyksiążę po nieudanym oblężeniu Krakowa uda się na koronację do Gniezna. Wojska Habsburga faktycznie zmierzały wzdłuż granicy śląskiej w kierunku północno-zachodnim, przez co zagrożenie stawało się realne. Obawy tamtejszej szlachty wzmógł fakt, iż maksymilianiści wydali pod koniec listopada uniwersał, w którym zwoływali sejmiki przedkornacyjne oraz wyznaczali datę koronacji swojego elekta na termin po Nowym Roku, jednakże bez podania miejsca, co świadczy o tym, że uniwersał miał jedynie charakter propagandowy. Obwieszczenie to podpisało jedynie trzech senatorów, w tym: wojewoda poznański S. Górka, marszałek nadworny koronny A. Zborowski oraz biskup kijowski J. Woroniecki.