Po zamachu na prezydencki samolot wojska Hutu natychmiast przeszły do działania. Proces eliminacji Tutsi można podzielić na trzy etapy. Pierwszy rozpoczął się już 6 kwietnia i przyjął formę metodycznego wyszukiwania i mordowania tych Tutsi, którzy znaleźli się na wcześniej przygotowanych listach. Były to osoby, które mogły stanowić zagrożenie polityczne. Ułatwić ten proceder miały blokady w stolicy, aby ludność nie mogła się przemieszczać. W pierwsze dni zamordowano zwolenników zawartego porozumienia, członków nowo powołanego rządu, a wśród nich premier Agathe Uwilingiyimana, która tymczasowo pełniła funkcję głowy państwa, a także większość ministrów. Zabito wszystkich liderów opozycji oraz wyeliminowano każdego zwolennika reformy kraju. Nie oszczędzono nawet blisko osiemdziesięcioletniej królowej Rosalie Gicande, która od śmierci swojego męża, czyli od 1959 roku, w ogóle nie ingerowała w politykę państwa. Wyprowadzono ją na plac w Butare i publicznie rozstrzelano.
Drugi etap eksterminacji rozpoczął się w chwili, gdy skończyły się nazwiska na listach. Od tego momentu urządzano masakry całych osad. Mordowano napotkane grupy uciekinierów Tutsi. Przeżyli jedynie ci, którzy zdołali ukryć się wśród ciał swoich towarzyszy lub szczęśliwym trafem znaleźli skuteczną kryjówkę. Trzecia faza polegała na wyszukiwaniu tych, którzy się ukryli. Byli oni potencjalnie niebezpiecznymi świadkami, dlatego nie można było pozostawić ich przy życiu.
Szacuje się, że przez sto dni niewyobrażalnej masakry, od 7 kwietnia do 2 lipca, śmierć poniosło od ośmiuset tysięcy do miliona osób, czyli ok. 80% całej populacji rwandyjskich Tutsi. Innymi ofiarami bojówek byli Pigmeje Twa oraz umiarkowani Hutu, postrzegani jako zdrajcy. Różne źródła podają, że w pierwsze dwa tygodnie zginęło około 40% całkowitej liczby zamordowanych, czyli między 300 a 500 tysięcy osób.
Udział w morderstwach Tutsi brali tak naprawdę wszyscy Hutu. Nieważny był wiek, status społeczny, czy płeć – każdy mógł zabijać, torturować, gwałcić czy rabować. Głównym narzędziem wykonawczym było oczywiście wojsko oraz Interahamwe, ale wkrótce elity rządzące stworzyły ramy instytucjonalne oraz polityczne, które wręcz nakazywały cywilom zabijać Tutsi. Stało się to narodowym obowiązkiem każdego Hutu, a uchylanie się od zbrodni było postrzegane jako podejrzane. Cywile zazwyczaj zabijali swoich sąsiadów, ludzi z którymi żyli przez lata, nierzadko w przyjaznych stosunkach. Dochodziło także do przypadków zabójstw w obrębie jednej rodziny – czasami w wyniku szału, podszytego propagandową indoktrynacją, a czasami z obawy o własne życie.
Najczęstszym narzędziem zbrodni były maczety, oszczepy, noże, narzędzia służące do pracy w polu i wszystko to, co mogło zadać śmiertelny cios. Wojsko używało broni palnej. Zabijano na różne sposoby, ale chyba najbardziej zdehumanizowanej formy przemocy dopuszczali się bojówkarze Interahamwe. Palili oni żywcem dzieci oraz obcinali swoim ofiarom dłonie i stopy, czekając na ich powolną śmierć. Gromadzili całe rodziny w jednym miejscu, aby potem wybierać wśród nich kolejną osobę i urządzać spektakl okrucieństwa na oczach pozostałych.
W drugim etapie ludobójstwa preferowano miejsca otwarte lub przestrzenie, gdzie można było zgromadzić całą lokalną społeczność Tutsi w jednym miejscu, a potem rozpocząć polowanie. Służyły ku temu place, stadiony, szkoły ale i kościoły. Ofiary zakopywano w masowych grobach, pozostawiano w miejscach mordu, ale także topiono w rzekach. Ciała zamordowanych Tutsi wrzucano między innymi do rzeki Nyabarongo. W tym akcie można doszukać się wymiaru symbolicznego – widoczny bieg rzeki zmierzał w kierunku Rogu Afryki, rzekomego miejsca pochodzenia Tutsi. W ten sposób „odsyłano” ich martwe ciała do miejsca, skąd rzekomo przybyli.
Powolna śmierć kobiet
Szczególnie okrutnie potraktowano kobiety Tutsi. Ich śmierć nie następowała od razu, ale była efektem brutalnych, często wielokrotnych gwałtów. Przemoc seksualna, będąca stałym elementem wojen zarówno domowych, jak i międzypaństwowych, w tym przypadku przyjęła formę niemalże ideologiczną.
Kobiety z plemienia Tutsi były postrzegane jako bardziej atrakcyjne od kobiet Hutu, zwłaszcza pod względem fizycznym: były wyższe, o delikatniejszych rysach i bardziej zgrabnych figurach. Utarł się stereotyp kobiety Tutsi jako płodnej matki oraz pięknej i wspaniałej kochanki. Wierzono, że kobiety z tego plemienia wykorzystują swoje atuty, żeby uwodzić mężczyzn Hutu, aby potem móc ich szpiegować. Istniało nawet powiedzenie, które miało potwierdzać owe przypuszczenia: „Twój wróg to Tutsi, ale twój największy wróg to kobieta Tutsi”. Być może to był jeden z głównych powodów tak okrutnego losu, jaki spotkał większość z nich. Hutu postarali się, aby kobiety Tutsi utraciły nie tylko kobiecość, ale przede wszystkim pozbawili je godności. Gwałty w tym przypadku nie były tylko statystycznym elementem chaosu wojennego, ale zaplanowaną i konsekwentną formą zniszczenia fizycznego i psychicznego kobiet Tutsi.
Po Rwandzie grasowały specjalne oddziały złożone z gwałcicieli zarażonych wirusem HIV lub chorych na AIDS. Ich celem było zarażanie kobiet Tutsi tą śmiertelną chorobą, aby przez kolejne lata cierpiały i umierały długą, powolną śmiercią, a być może przekazywały ją również innym Tutsi. Kobiety, które zdołały uniknąć grup chorych na AIDS, niestety i tak były narażone na gwałty i to zbiorowe, organizowane przez całe oddziały Interahamwe. Najczęściej kończyły się one śmiercią w okrutnych męczarniach. Kobiety Tutsi były poddawane również nieludzkim torturom. Okaleczano je w bestialski sposób, poprzez nabijanie na pal lub wycinanie ich organów rozrodczych maczetami. Nawet, gdy przeżyły, nie były zdolne do rodzenia dzieci, ale przede wszystkim do normalnego życia. Właśnie o to chodziło Hutu – ofiary miały być zdehumanizowane i żyć z piętnem, które nigdy nie zniknie z ich świadomości. Szacuje się, że zgwałcono ćwierć miliona kobiet i dziewcząt. Wiele z nich urodziło dzieci swych oprawców, co stanowiło kolejny poważny problem, z którym musiało zmierzyć się społeczeństwo Rwandy po wojnie.