Praca konspiracyjna na najwyższych obrotach wyczerpywała całkowicie Wojciechowskiego, w sierpniu 1899 roku postanowił wyjechać do Anglii, a w grudniu wziął ślub z Marią Kiersnowską. Po okresie wypoczynku Wojciechowski kilkakrotnie odwiedzał kraj, biorąc aktywny udział w zjazdach partii. Na przeszkodzie dłuższym pobytom w Królestwie stawała jednak choroba żony. W międzyczasie zaszły poważne zmiany w ruchu robotniczym, odrodziła się SDKP (przemianowana ostatecznie na Socjal-Demokrację Królestwa Polskiego i Litwy), a z PPS wystąpili działacze związani z Ludwikiem Kulczyckim, zakładając Polską Partię Socjalistyczną-Proletariat. W ten sposób PPS utracił monopol w ruchu robotniczym na terenie zaboru rosyjskiego.
Czas zmian
Wybuch wojny rosyjsko-japońskiej w 1904 roku Wojciechowski potraktował, podobnie jak Piłsudski, jako szansę dla sprawy polskiej. Obaj żywili nadzieję na przerodzenie się konfliktu w wojnę światową i klęskę Rosji. Dlatego też Wojciechowski popierał plan Piłsudskiego zakładający utworzenie legionu polskiego z jeńców i dezerterów z armii rosyjskiej. Wobec klęsk wojennych Romanowów, na całym terenie imperium wybuchły żywiołowe strajki, przeradzające się w rewolucję. Jej wybuch zaskoczył tak PPS, jak i samego Wojciechowskiego. Stosunek do rewolucji silnie zantagonizował grupy „starych” wyczekujących na rozwój wypadków oraz „młodych” działaczy PPS. Ci drudzy domagali się wzmożenia akcji i współpracy z rosyjskim ruchem rewolucyjnym. Głosili hasła klasowe a pomijali postulaty patriotyczne. W kierownictwie partii zaczęły dominować „młodzi”, co uwidoczniło się szczególnie po VII Zjeździe PPS w marcu 1905 roku Warszawie. Wojciechowski, zrażony radykalną postawą najmłodszej generacji członków PPS i odsunięciem postulatów niepodległościowych na dalszy plan opuścił jej szeregi. Udał się ponownie do Anglii.
W początku 1906 roku rząd carski ogłosił amnestię, w związku z czym Wojciechowski postanowił powrócić do zaboru rosyjskiego. Rozczarowany negatywną ewolucją PPS i całego ruchu robotniczego w kierunku ideologii rewolucyjnej, poszedł w przeciwną stronę. Wspólnie z Edwardem Abramowskim zaczął ewolucję ku apolitycznemu ruchowi spółdzielczemu, opartemu na wzorcach brytyjskich. Przyszły prezydent postanowił włączyć się do pracy w Towarzystwie Kooperatystów, którego zadaniem było krzewienie wśród ludu podstawowych zasad demokratycznych, w tym ogólne uspołecznianie robotników i chłopów. W tym okresie zajął się również wydawaniem pisma „Społem”. W ruchu społecznym dostrzegał wartości o, które walczył w PPS, a które jego zdaniem zostały pogrzebane w latach 1904-1905.
Wielka Wojna
Aż do początków I wojny światowej Wojciechowski poświęcał się całkowicie działalności społecznej. Unikał działalności politycznej, choć w roku 1912 w spotkał się z Piłsudskim w Zakopanem. Miał wówczas obiecać przyszłemu Naczelnikowi Państwa, że poprze jego ideę zbrojnego powstania przeciw Rosji w razie wojny pomiędzy zaborcami i weźmie udział w tworzeniu rządu narodowego. Gdy jednak doszło do wybuchu walk, od samego początku sprzeciwił się planom Piłsudskiego i jego orientacji proaustriackiej. Wojciechowski był zdania, że sprawy polskiej nie należy wiązać z żadnym z państw zaborczych.
Energicznie zaangażował się za to w pracę w Centralnym Komitecie Obywatelskim, zorganizowanym w Warszawie przez władze carskie. Starał się nieść pomoc aprowizacyjną dla ludności polskiej dotkniętej skutkami działań wojennych i zabiegał o utworzenie armii polskiej walczącej u boku Rosji przeciwko państwom centralnym. Nie wierzył co prawda w realność niepodległości zdobywanej u boku jednego z zaborców, słusznie jednak rozumował, że armia polska może być ważną kartą przetargową i środkiem do poszerzenia swobód wraz z korzystnym rozwojem sytuacji geopolitycznej. Największe szanse powodzenia dawał jednak nie Piłsudskiemu, ale Komitetowi Narodowemu Polskiemu, który wiernie stał u boku Ententy.
Rewolucja lutowa, która w 1917 roku strąciła z tronu cara Mikołaja II, zastała Wojciechowskiego w samym centrum wydarzeń – w Piotrogrodzie. W czerwcu tego samego roku uczestniczył w Zjeździe Wojskowych Polaków w Rosji, gorąco zabiegając o zgodę rosyjskiego Rządu Tymczasowego na zorganizowanie w Rosji armii polskiej do walki z państwami centralnym. Częściowo dzięki jego działaniom udało się sformować I Korpus Polski pod dowództwem gen. Józefa Dowbór-Muśnickiego, ale szanse na dalszą rozbudowę jednostek polskich ostatecznie przekreśliła rewolucja październikowa.
Niepodległość
14 listopada 1918 r. powrócił do Warszawy. Niedługo później, po spotkaniu z Piłsudskim otrzymał nominację na Ministra Spraw Wewnętrznych w rządzie Ignacego Paderewskiego, utworzonym w styczniu 1919 roku. Było to wyraźną oznaką zaufania ze strony dawnego przyjaciela z PPS. Jednocześnie jednak Wojciechowski został postawiony przed bardzo trudnym zadaniem. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych było w tamtym okresie kluczowym resortem, zwłaszcza w chwili, gdy kraj pogrążony był w anarchii, a walki o kształt przyszłych granic trwały w najlepsze. Na barki Wojciechowskiego spadł ciężar zorganizowania pierwszych wyborów do Sejmu Ustawodawczego, z czego zresztą wywiązał się znakomicie. Jego dużym sukcesem było także przeorganizowanie prowizorycznej milicji ludowej w policję państwową, opartą w głównej mierze na wzorcach brytyjskich. Gabinet Paderewskiego podał się do dymisji 9 grudnia 1919 r., jednak sam Wojciechowski pozostał na swoim stanowisku, wchodząc do rządu sformowanego przez Leopolda Skulskiego.
W czasie wojny z bolszewikami największe kłopoty sprawiało Wojciechowskiemu powstrzymanie komunistycznej agitacji i utrzymanie bezpieczeństwa wewnętrznego w kraju, stojącym nad przepaścią. Do samej wojny Wojciechowski był ustosunkowany sceptycznie. Nie zgadzał się z koncepcją federacyjną Piłsudskiego i był zdania, że konflikt z Rosją Sowiecką należy rozstrzygnąć w oparciu o tzw. Linię Dmowskiego, ograniczającą granice niepodległego kraju do terenów zamieszkałych przez etnicznych Polaków.