Gdy w czerwcu 1920 roku upadł rząd Skulskiego, Wojciechowski otrzymał od nowego premiera Władysława Grabskiego propozycję kontynuowania pracy w MSW, której jednak nie przyjął. Postanowił na jakiś czas odsunąć się od polityki. Najbliższe jego poglądom staje się stronnictwo Wincentego Witosa PSL–„Piast”. Jego członkiem zostaje pod koniec 1921 roku, aby w grudniu następnego roku zostać kandydatem „Piasta” na fotel prezydenta. Wojciechowski odpadł w czwartej turze głosowania, a na pierwszego prezydenta II Rzeczpospolitej Zgromadzenie Narodowe wybrało Gabriela Narutowicza. Wybór ten wzburzył polską prawicę. Rozpoczęła się ogromna nagonka na pierwszego prezydenta II RP, głosząca, że nie dość iż został narzucony Polsce głosami mniejszości narodowych, to jeszcze jest niewierzący. Atmosfera nienawiści przyniosła owoce, doprowadzając do niespotykanego w polskich dziejach mordu politycznego. 16 grudnia 1922 roku w warszawskim Towarzystwie Sztuk Pięknych ginie Gabriel Narutowicz. Jego mordercą był malarz Eligiusz Niewiadomski, związany przez lata z Ligą Narodową.
Drugi prezydent
Obowiązki głowy państwa objął Marszałek Sejmu Maciej Rataj. Na 20 grudnia 1922 roku zwołał on Zgromadzenie Narodowe, które miało wybrać nowego prezydenta. Już w pierwszej turze Stanisław Wojciechowski uzyskał większość zdobywając 298 głosów, a jego rywal Kazimierz Morawski tylko 221 głosów. Nowego prezydenta poparły te same kluby parlamentarne co i Narutowicza. Gdy więc ogłoszono wyniki wyborów z ław lewicy padł znamienny okrzyk pod adresem prawicy: „Kiedy go zabijecie?”. Jednak prawica skompromitowana zabójstwem Narutowicza, nie protestowała przeciwko wyborowi Wojciechowskiego. On sam zaś nie skorzystał z prawa łaski przysługującego mu wobec zabójcy swojego poprzednika.
Czytaj też:
Gabriel Narutowicz został zamordowany 100 lat temu. Pierwszy prezydent urzędował zaledwie kilka dni
Wojciechowski poparł „kryzysowy” gabinet Władysława Sikorskiego, od samego początku swojego urzędowania próbował też pozyskać prawicę. Jego wysiłki zakończyły się podpisaniem 15 maja 1923 r. porozumienia pomiędzy narodowcami a „Piastem”, zwanego paktem lanckorońskim. Oznaczało to koniec rządu Sikorskiego – misję tworzenia gabinetu Wojciechowski powierzył liderowi chłopskiemu Wincentemu Witosowi.
Niedługo później Piłsudski demonstracyjnie przeniósł się do willi w Sulejówku, a jego relacje z Wojciechowskim uległy znacznemu pogorszeniu. Marszałkowi szczególnie nie podobała się nominacja gen. Stanisława Szeptyckiego na Ministra Spraw Wojskowych. Ten ruch kadrowy przerodził się następnie w otwarty konflikt o ustawę o najwyższych władzach wojskowych. Wojciechowski w tym sporze poparł Szeptyckiego, co wzbudziło wielkie niezadowolenie Piłsudskiego.
Potęgujący się kryzys gospodarczy a wraz z nim krwawo stłumione przez rząd społeczne niepokoje w listopadzie 1923 roku przyniosły kres gabinetu Witosa. Należało powstrzymać szalejącą inflację i poprawić sytuację gospodarczą państwa. Wojciechowski zdecydował powołać gabinet pozaparlamentarny, na czele z Władysławem Grabskim. Okazał się on najtrwalszym rządem w okresie przedmajowym. Grabski aktywnie napędzał koniunkturę gospodarczą, a przede wszystkim dokonał reformy waluty zastępując markę złotym polskim. Gestem w stronę Piłsudskiego było powierzenie teki Ministra Spraw Wojskowych jego najbliższemu współpracownikowi gen. Kazimierzowi Sosnkowskiemu. Jednak Wojciechowski nie zgodził się na powołanie Marszałka na oficjalnego wodza sił zbrojnych, popierając pomysł Grabskiego reformy władz wojskowych. Przyniosło to dymisję Sosnkowskiego. Jego następcą został niechętny Piłsudskiemu Władysław Sikorski.
Pozycję prezydenta Wojciechowskiego osłabiał fakt, że według konstytucji marcowej parlament zajmował centralne miejsce w systemie państwowym. Jednak w systemie zwanym pogardliwie „sejmokracją”, wykonywanie zadań przez Sejm było bardzo utrudnione w razie niewyłonienia trwałej większości i braku stabilnej większości. Dlatego też w pierwszej połowie lat dwudziestych dochodziło do bardzo częstych zmian gabinetowych
Chwiejność i kunktatorstwo partii sejmowych dobrze obrazuje sytuacja po dymisji Władysława Grabskiego, wraz z którą doszło do poważnego kryzysu rządowego. Wojciechowski zamierzał powierzyć misję tworzenia gabinetu pozaparlamentarnego Stanisławowi Grabskiemu, a następnie Władysławowi Raczkiewiczowi, lecz nie uzyskali oni aprobaty większości ugrupowań. Dopiero powołanie 20 listopada 1925 roku na premiera Aleksandra Skrzyńskiego pozwoliło choć na chwilę powstrzymać parlamentarny zamęt.
Tymczasem sprawy polskie na forum międzynarodowym rozwijała się szczególnie niekorzystnie. Niemcy coraz śmielej domagały się rewizji granic Polski, nazywając ją „państwem sezonowym”. Gdy w październiku 1925 roku podczas układu z mocarstwami zachodnimi w Locarno Niemcy zagwarantowali nienaruszalność swoich zachodnich granic, otwartą pozostawili kwestię granic wschodnich. Co gorsza, z całą mocą wybuchła wówczas polsko-niemiecka wojna celna. Wojciechowski doskonale rozumiał przed jakimi zagrożeniami stoi państwo polskie. W Republice Weimarskiej dostrzegał głównego wroga dla jej niepodległego bytu.
Zamach
Wojciechowski lekceważył docierające do niego sygnały o zamachu stanu przygotowywanym przez piłsudczyków. Nie wierzył w to, że Piłsudski pójdzie drogą pozaparlamentarnego zdobycia władzy. Z perspektywy czasu poważnym błędem Wojciechowskiego okazała się również zgoda na powierzenie Ministerstwa Spraw Wojskowych gen. Lucjanowi Żeligowskiemu, jawnemu zwolennikowi Piłsudskiego. To właśnie on bardzo skutecznie obsadził funkcje kierownicze w wojsku piłsudczykami, co przyniosło poważne konsekwencje.
Czytaj też:
Milusin Piłsudskiego – historia o tym, jak saperzy dwór budowali
Kolejne przesilenie gabinetowe nastąpiło na początku maja 1926 roku wraz z upadkiem rządu Skrzyńskiego. Ugrupowania prawicowo-centrowe zgłosiły kandydaturę Wincentego Witosa. Wojciechowski miał jednak obawy przed powołaniem rządu, który poprzednią kadencję kończył w niesławie. Prezydent forsował na premiera Józefa Chacińskiego z Chrześcijańskiej Demokracji lub Jana Dębskiego z PSL „Piast”, lecz wobec odmowy obu i niemożliwości sformowania gabinetu pozaparlamentarnego, zdecydował się poprzeć Witosa. Jego gabinet został sformowany 10 maja 1926 roku. Przy tej okazji kolejną nietrafioną decyzją okazało się powołanie na Ministra Spraw Wojskowych gen. Juliusza Malczewskiego. Słabo orientował się on w nastrojach w armii i lekceważąco podchodził do wpływów jakie miał w wojsku Piłsudski.